链霉亲和素磁珠研究蛋白质-RNA或蛋白质-DNA相互作用
蛋白质与RNA的相互作用是许多细胞功能的核心,如蛋白质合成、mRNA组装、病毒复制、细胞发育调控等。了解它们之间相互作用的分子机制对理解这些生物学过程非常重要。然而,之前的分析方法往往受限于使用放射性标记,或实验步骤过多,不仅耗时费力,也增加了实验结果的不稳定。
近日,普睿迈格生物科技有限公司推出了一款PuriMag G-streptavidin磁珠,让研究人员能够以末端标记的RNA/DNA作为诱饵,轻松富集蛋白质-RNA或蛋白质-DNA的相互作用。
利用脱硫生物素末端标记的RNA/DNA和链霉亲和素磁珠来高效富集RNA/DNA结合蛋白(RBP/DBP)。与抗体捕获相比,这种方法的优势在于脱硫生物素化的目标RNA能够直接富集RBP/DBP(或复合物)。适用于标记和pull-down分析,也与多个下游应用兼容,如Western blotting和质谱(MS)。
RBP/DBP的富集过程经过优化,相当简单。首先将RNA与链霉亲和素磁珠结合。之后在蛋白质-RNA结合缓冲液中平衡RNA结合的磁珠,再加入蛋白裂解液。随后添加适当的缓冲液、涡旋振荡,并在磁力架上分离,洗涤磁珠。最后样品可通过非变性的生物素洗脱缓冲液或SDS-PAGE上样缓冲液洗脱,用于下游分析。
PuriMag G-streptavidin磁珠pull down的特点在于:
• 直接:直接利用末端标记的RNA/DNA捕获核糖核蛋白复合物;不需要使用抗体进行pull-down
• 简单:RBP/DBP富集过程无需离心;在RNA/DNA标记反应后操作小于3小时
• 灵活:使用不同长度的体外转录RNA或合成RNA/DNA进行标记;可成功富集内源、过表达和体外翻译的裂解液中的蛋白
• 特异:磁珠背景低;未处理的RNA或突变RNA不会明显富集特定的RBP
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