蛋白组学是生物研究的重要内容，好的样品就是实验成功的首要条件，那么样品的收集以及预处理便是决定实验成败的重要起点。下文总结了多年的样品前处理经验，下面给大家简单介绍一下蛋白质组学各类型样品都是如何进行收集与预处理的？

动物篇

常规组织

（心、肝、脾、肺、肾、肠、脑、肌肉等）

PBS洗涤去除残留血液和污染物，剔除无关的干扰组织（血管、脂肪、结缔组织等）；

冲洗干净，用组织剪或手术刀将组织分离成1cm3 左右的小块；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

软骨组织

PBS洗涤去除残留血液和污染物；

用手术刀将软骨切成1cm3 左右的小块；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

软体动物（吸虫等）

PBS洗涤去除来自宿主的污染；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

动物毛发等

用适量2%SDS，50mM 磷酸钠（pH7.8）缓冲液漂洗样品，去除污染物，干燥；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

样品量要求：

常规动物组织（心、肝、脾、肺、肾、肠、脑、肌肉等）-定量蛋白组学>200mg；修饰蛋白组学>500mg

植物篇

大本植物茎、叶、花等

PBS清洗样品表面泥土或明显污染物，吸水纸吸去表面液体；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

大本植物树根、树皮、树枝等

PBS清洗样品表面泥土或明显污染物，吸水纸吸去表面液体；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

草本植物、藻类、蕨类等

PBS清洗样品表面泥土或明显污染物，吸水纸吸去表面液体；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

细小种子（如谷物等）

PBS清洗样品表面泥土或明显污染物，吸水纸吸去表面液体；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

鲜果肉

切取鲜果肉，去皮切成 1cm3 左右小块；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

花粉

植物开花期收集花粉，解剖显微镜下检查花粉；

用解剖针去除花药碎片等杂质，转入EP 管中，光学显微镜下检查花粉的形态和纯度；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

样品量要求：

常规植物组织（幼嫩的根、叶、花、愈伤组织等）-定量蛋白组学>500mg；修饰蛋白组学>2g

微生物篇

细菌（菌体沉淀）

4℃，3000-5000×g离心10 min，收集菌体沉淀，弃上清；

用预冷的PBS小心重悬清洗沉淀3次，每次4 °C，3000-5000×g离心10 min，弃上清；

收集管底沉淀，液氮速冻5min，保存于-80℃。

真菌类（菌菇）

PBS 清洗，吸水纸吸去表面液体；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

样品量要求：

菌体沉淀-定量蛋白组学>200mg；修饰蛋白组学>1g

细胞篇

悬浮培养细胞

连同培养基转移到15 mL 离心管中；

4℃，1000 ×g离心10 min收集细胞（1×107个细胞为宜），弃上清；

用预冷的PBS小心重悬清洗沉淀一次，1 ml PBS重悬细胞后转移到新的1.5 ml离心管中；

1000 ×g离心10 min收集细胞，弃上清；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

贴壁培养细胞

用移液器吸除培养基；

加入灭菌PBS（若用移液枪加，则靠着培养皿壁加入，以免将细胞冲起），平放轻轻摇动1分钟洗涤细胞，然后弃PBS；

用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧（动作要快），将细胞尽量全部转移至离心管中；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

样品量要求：

悬浮/贴壁细胞-定量蛋白组学>1×107个细胞或体积>50ul细胞沉淀；修饰蛋白组学>1×108个细胞或体积>500ul细胞沉淀

体液篇

血浆

使用EDTA抗凝管采集血液；

轻轻地上下颠倒混匀 8-10 次；

4℃，1300-2000×g离心10 min，取上清；

用移液器将血浆转移到离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

血清

使用真空采血管收集血液；

轻轻地上下颠倒混匀5-6 次；

4℃，静置30-60min，让全血凝集；

4℃，1500-2000×g离心10min，取上清；

用移液器将上层淡黄色血清转移到离心管中，加入蛋白酶抑制剂，混匀，瞬时离心；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

唾液

禁食两小时以上，上午取样；

1000g-2000g 离心5min，（或使用0.22um 滤膜过滤），取上清；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

脑脊液、关节液等体液

1000g-2000×g 离心5min，使用0.22μm 滤膜过滤，取上清；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

样品量要求：

血浆/血清-定量蛋白组学>100ul；修饰蛋白组学>300ul

其他篇

血清/血浆-外泌体

用超速离心或其他方法提取外泌体，用电镜观察外泌体形态（推荐）；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

细胞上清-外泌体

细胞在合适的培养基中培养至70%面积，去掉培养基，PBS洗三次；

换用无血清培养基生长一定时间（如24小时）后收集，4度300g离心10分钟取出细胞，取上清；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

细胞上清

在收集前改用不完全培养基培养，即用不加血清的培养基进行培养；

待细胞铺满80%左右，用移液枪吸取上清；

4℃，6000rpm离心5min，弃去底部可能出现的固体沉淀，取上清；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

发酵液

10000rpm-20000rpm 离心 30-60min，（或使用 0.22μm 滤膜过滤），取上清；

液氮速冻5min，保存于-80℃。

蛇、蝎毒液等（干重）

一般分为2种方法，可根据自身实验条件进行选择：

1)真空干燥（减压干燥）：在低压下，使蝎毒液中的水分快速蒸发的方法。蝎毒干燥后，应缓缓旋开活塞，以防止空气冲散。

蝎毒干粉。最后在净化条件下取出干粉，立即分装，密封低温保存。

2)真空冷冻干燥：先将蝎毒液在低温冰柜中预冻成固体，然后使用冷冻干燥机进行干燥和低温保存。由于冷冻干燥是在低温和高真空度下进行的，所以毒液在冻干过程中不起泡，不粉不沾壁、疏松、易取出、易溶于水、有利于保存。

样品量要求：

血清/血浆外泌体（需要的血清/血浆初始体积）-定量蛋白组学>1ml

细胞上清外泌体（需要的细胞上清初始体积）-定量蛋白组学>50ml

蛋白鉴定篇

胶条或泳道

胶条或者泳道皆可，建议考马斯亮蓝染色（条带清晰，无降解）；

请用EP管装好，不用加任何保存液，用冰袋寄送即可，颜色非常浅的条带可取多个重复样本放一起。

蛋白溶液

如果需要跑胶，建议加loading buffer去煮；

如果不跑胶，则不用添加loading buffer。

备注：蛋白溶液需注明溶液成分和蛋白大概浓度

磁珠样本

不要加loading buffer 去煮，直接将连着磁珠的蛋白溶液用干冰寄送就好。

蛋白干粉

冻干的蛋白粉末装入EP 管，低温寄送

备注：以上修饰蛋白组学的样本量仅限于磷酸化蛋白组学，关于乙酰化蛋白组学、泛素化蛋白组学、糖基化蛋白组学样本量需具体分析。